一、农业科
研究和引进先进技术，运用于京郊粮、油、中草药等经济作物病、虫、草、鼠害的预测、预报及防治；制定全市粮、油、中草药等经济作物病、虫、草、鼠害中、短期预测预报办法和长期规划；制定粮油等经济作物病、虫、草、鼠害的标准化防治规程；示范推广及宣传培训农作物病虫草鼠新技术。
二、蔬菜科
开展蔬菜花卉类作物病虫害监测、预警及防治指导工作，制定全市蔬菜病虫害中、短期预测预报办法及绿色食品生产中病、虫、草害综合防治的标准化技术规程；研究和引进先进技术，应用于蔬菜植保、绿色食品生产，示范推广。
三、检疫科
负责全市的植物检疫、审批调运签证、产地检疫；国外引种、审批、隔离条件考察、试种期生长观察及疫情监测、防除工作；开展检疫性、危险性病虫害监测、封锁技术研究，运用国内外先进检疫技术、指导中、初级检疫人员的业务工作；负责全市兼职检疫员的培训，植物检疫条例的宣传、贯彻、落实
四、农药技术科（北京市农药检定所）
负责北京地区农药登记资料初审；农药监督执法；农药质量与农药残留监督检测；农药安全管理、农药安全使用及新农药、新药械试验、示范。
五、新技术开发科
围绕京郊农业种植结构调整，开展新型作物病虫草害的基础和防治技术的研究；编写相关技术资料，组织技术培训；
六、农药推广科
负责组织指导筛选防治疑难病、虫、草、鼠害的高效、低毒、低残留的环保型新农药和新技术措施；负责新农药、新药械的推广、销售；负责收集和传递各种新农药生产、销售信息，开展新农药及药械信息咨询服务。
七、办公室（生防科）：
围绕全站中心工作，开展办公室文秘、信息、督办及日常管理，并开展各业务科间工作的组织、指挥和协调；根据全站科技创新工作思路，负责科技和项目管理；负责办公自动化管理及信息管理工作；负责农业生物防治技术研究与试验示范及推广工作。
八.财务科
组织制定单位内的会计制度，并负责贯彻执行；拟定全站财务工作计划，编报财政预算和财政决算报表，编制会计各类报表；监督各类资金的使用和分配；贯彻执行国家有关财务政策和财务制度；负责项目资金管理。
九、人事科
提出科级干部培养和选拔方向、负责干部调配、毕业生的录用、见习期考察，职工年度考核、工资晋升和安全生产工作；负责专业技术干部培训、晋升考试和申报工作。
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